رییس کل:

رييس‌كل سازمان بالاترين مقام اجرايی، اداری و مالی و نماينده قانونی سازمان در كليه مراجع با حق توكيل به غير و يا نماينده وی می باشد و در حدود مصوبات مجمع عمومی و شورای عالی و مقررات و ضوابط مربوط دارای اختيار كامل است كه از طرف مجمع عمومی از بين منتخبين هيأت مديره سراسر كشور برای مدت چهار سال انتخاب و به رييس‌جمهور جهت صدور حكم معرفی می شود.

رئیس هیات مدیره :

رييس هيأت مديره هر يك از شهرستان‌ها از بين منتخبين هر شهرستان با پيشنهاد هيأت مديره مربوطه و صدور حكم رييس‌كل سازمان نظام پزشكي جمهوري اسلامي ايران براي مدت چهار سال منصوب مي‌گردد.

رؤسای هيأت مديره شهرستان‌ها  همان وظايف و اختيارات رييس‌كل سازمان نظام پزشكی در محدوده سازمان نظام پزشكی شهرستان مربوطه به استثنای وظايف خاص رييس كل را به عهده خواهند داشت.